$infile = $ARGV[0];
chomp($infile);
$impute=$ARGV[1];
chomp($impute);
#open(BUFF,"gunzip -c $infile|") or die "no file exists\n";
open(BUFF,"$infile") or die "no file exists\n";
if(uc($impute) eq "BEAGLE")
{
	$header = <BUFF>;
}
while(<BUFF>)
{
	chomp($_);
	@array = split(" ",$_);
		if(uc($impute) eq "IMPUTE")
		{
		shift(@array);
		}
	$snp = shift(@array);
		if(uc($impute) eq "IMPUTE")
                {
                	shift(@array);
		}
	print "$snp";
	$gnt1 = shift(@array);
	$gnt2 = shift(@array);	
	print " $gnt1 $gnt2";
	for($i=0;$i<@array;$i++)
	{
		$val1 = $array[$i];
		$i++;
		$val2 = $array[$i];
		$i++;
		$val3 = $array[$i];
		#$val= 2*$val3+$val2;
		#print " $val";
		#die "$val1 $val2 $val3 ";
		if(!($val1 =~ /\d+.*\d*/ && $val2 =~ /\d+.*\d*/ && $val3 =~ /\d+.*\d*/))
		{
			die "3 probbability are not numbers.Check for input file format\n";
		}
		if($val1 > 0.5)
		{
			print " $gnt1 $gnt1";
		}
		elsif($val2 > 0.5)
		{
			print " $gnt1 $gnt2";
		}	
		elsif($val3 >0.5)
		{
			print " $gnt2 $gnt2";
		}
		else
		{
			print " 0 0";
		}
	}
	print "\n";	
}
